Το λογισμικό που είναι διαθέσιμο στο Ubuntu είναι ελεύθερο ή ανοικτού κώδικα. Το λογισμικό αυτό μπορεί να το εγκαταστήσει και να το χρησιμοποιήσει οποιοσδήποτε, ενώ μπορεί ακόμα να το τροποποιήσει και να το αναδιανέμει όπως αυτός επιθυμεί. Το Ubuntu είναι φτιαγμένο από τέτοιου είδους λογισμικό.

Μη ελεύθερο λογισμικό είναι το λογισμικό που δεν διανέμεται ή αλλάζει ελεύθερα. Αυτό δυσκολεύει τους προγραμματιστές του Ubuntu στο να βελτιώσουν το λογισμικό και να διορθώσουν προβλήματα. Γι' αυτό το λόγο προτείνεται η χρήση του ελεύθερου λογισμικού.

Λογισμικό με περιορισμούς από πνευματικά δικαιώματα και νόμους είναι λογισμικό το οποίο έχει περιορισμούς στη χρήση του, οι οποίοι δεν του επιτρέπουν την κατηγοριοποίηση ως ελεύθερο λογισμικό. Το μη ελεύθερο λογισμικό (ή κλειστό λογισμικό) είναι λογισμικό με περιορισμούς, όπου οι περιορισμοί έχουν να κάνουν με τη διάθεση του συγκεκριμένου λογισμικού υπό μία μη ελεύθερη άδεια. Άλλοι λόγοι για τους οποίους μπορεί κάποιο λογισμικό να κατηγοριοποιηθεί ως περιορισμένο έχει να κάνει με νομικά ζητήματα (υπάρχουν λογισμικά των οποίων η χρήση είναι παράνομη σε ορισμένες χώρες) καθώς και με ζητήματα σχετικά με πατέντες (υπάρχουν λογισμικά των οποίων η νόμιμη χρήση προϋποθέτει προηγούμενη εξασφάλιση άδειας πατέντας - patent license).

Σε ορισμένες περιπτώσεις, η χρήση λογισμικού με περιορισμούς ως προς την άδεια χρήσης είναι μονόδρομος. Τέτοιες περιπτώσεις περιλαμβάνουν την αναπαραγωγή συγκεκριμένων μορφοποιήσεων αρχείων ήχου και βίντεο, συγκεκριμένες γραμματοσειρές και οδηγοί συσκευών για κάποιες κάρτες γραφικών.

Πρέπει να ειδοποιηθείτε από τον διαχειριστή πακέτων εάν προσπαθήσετε να εγκαταστήσετε λογισμικού με περιορισμούς ως προς την άδεια χρήσης. Εάν το λογισμικό αυτό δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί νόμιμα στη χώρα σας τότε δεν υπάρχουν και πολλά πράγματα να κάνετε: δεν θα πρέπει να εγκαταστήσετε το λογισμικό αυτό. Εάν το λογισμικό έχει περιορισμούς απλά επειδή δεν είναι ελεύθερο λογισμικό, μπορείτε να επιλέξετε να το χρησιμοποιήσετε (για παράδειγμα, στην περίπτωση των οδηγών καρτών γραφικών). Να έχετε όμως υπόψη ότι η πλειονότητα του λογισμικού με περιορισμούς δεν υποστηρίζεται στο Ubuntu και ότι ενδεχόμενα προβλήματα από τέτοιο λογισμικό τις περισσότερες φορές δεν μπορεί να διορθωθούν από τους σχεδιαστές του Ubuntu.